Se excluirmos a movimentação de fuel, o Porto de Setúbal movimentou 3,5 milhões de toneladas de carga, de Janeiro a Julho de 2006, o que se traduziu num acréscimo de 4,5% (+150 mil toneladas), em relação a igual período de 2005.Destaca-se o aumento de 10,2% (+73 mil toneladas) na carga geral fraccionada, essencialmente nos produtos metalúrgicos e no cimento ensacado, e o aumento de 4,7% (+87 mil toneladas) nos graneis sólidos, explicado pelo acréscimo na movimentação de cimento, clinquer e produtos agrícolas.
No ano 2005, verificou-se uma excepcional movimentação de fuel destinado à alimentação da Central termoeléctrica de Setúbal, devido ao reduzido grau de pluviosidade registado nesse Inverno. Assim, o retomar dos níveis normais de importação de fuel, em 2006, teve um impacto no movimento do porto de Setúbal, com uma redução de 6,4% no tráfego de mercadorias.
