O SGA – Sistema de Gestão Ambiental da APSS, SA foi auditado com sucesso, pela LRQA – Lloyd’s Register Quality Insurance, nos termos da norma NP EN ISO 14001:2004, em que foi verificada a sua adequação às atividades da APSS, a nível dos princípios de prevenção da poluição, conformidade legal, política do ambiente, entre outros.
A APSS é considerada uma referência a nível dos Portos nacionais na área da Inovação aplicada ao ambiente, destacando-se a adoção de práticas reconhecidas internacionalmente e apontadas como exemplos de excelência pela ESPO – European Sea Ports Organization, com a aplicação de um Tarifário que privilegia a eficiência energética dos navios (incentivos atribuídos pela APSS a nível do ESI – Environmental Shipping Index e Green Award Ports) e continuando a ser o único porto nacional a ostentar o estatuto de “porto Ecoport”